Hi-C是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C常与RNA-Seq等多组学技术进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。

小编此前给大家介绍过Hi-C技术的应用及与多组学技术搭配的案例解读。在Hi-C技术的“硬件”条件铺垫之后,执着于样本制备阶段的小编,要来普及一下“软件”环节的注意事项了。

万丈高楼平地起。再高超的技术,再前卫的应用方向,也要基于项目的样本质量才能顺利推进,样本准备环节便是一个项目整体的奠基石。

做Hi-C所涉及的样本通常有全血样本,组织样本以及细胞样本。

血液样本

送样建议

血液采集后加入含EDTA或柠檬酸钠抗凝管中(因肝素钠抗凝会影响酶活性,故不建议用肝素钠抗凝),轻轻颠倒十次混匀,室温正立放置,平衡2h后立即送样,并尽量确保24h内运输至实验室。

注意事项(防止污染、溶血)

a. 血液必须为新鲜血样。

b。 取样前要进行消毒处理:包括取样部位、取样器材、取样者戴的手套等,防止所取血液样品被物种本身携带的细菌等污染物污染;

c. 准备柠檬酸钠或EDTA抗凝管;

d。 依据抗凝管的实际规格采取全血样品,比如:10 ml规格的抗凝管可以取样10 ml;

e. 取完血后,迅速轻柔颠倒混匀全血样品,保证血液与抗凝剂充分混匀;

f. 天气较热时:含有血液样品的抗凝管运输时使用冰袋低温运输,注意,冰袋不要与抗凝管直接接触,以防止血液冻凝;天气较冷时:含有血液样品的抗凝管运输时无需加冰袋运输。

组织样本

送样建议

将肌肉表面附着的血液、脂肪、毛皮等非肌肉组织处理干净,简单梯度冻存(4℃ 30 min,,-20℃ 30 min,放于-80℃长期保存),干冰运输。

注意事项(防止污染、溶血)

a. 冻存样品注意—“慢冻快融”;

b。 保证组织样品新鲜冻存,保存时间不要太长(以冻存时间1个月为宜)。

细胞样本

送样建议

需要进行甲醛交联固定,细胞不可经过核酸染色步骤,交联前处于活性状态,冷冻细胞需活化后在进行交联。建议培养到10^7个细胞用于固定,以保证试验的可重复性。

交联细胞步骤建议

1、细胞交联

a。 取新鲜活细胞置于1。5 ml离心管中,加入1 ml的cold 1x PBS摇匀,1000 g、4℃离心2 min;

b. 吸弃上清,每管再次加入1 ml的cold 1xPBS轻混匀,1000 g、4℃离心2 min;

若不进行细胞裂解,则改成 b. 1 ml cold PBS 重悬沉淀,把重悬液转移到冻存管,340-600 g、4℃离心 8 min 去上清。

注:做到此步可直接液氮速冻,干冰运输,信息单中备注:“交联完成,PBS清洗后,未进行细胞裂解”。

c.吸弃上清,用1 ml cold 1x PBS重悬沉淀,加入适量(57 ul)37%甲醛(终浓度2%)混匀,室温放置10 min(1-2 min混匀一次);

d.加适量(71 ul)2 M的氨基乙酸(4℃保存)终止反应(终浓度0。125 M)室温混匀5 min,冰上放置15 min。

2.细胞裂解

a.固定好的细胞340-600 g、4℃离心8 min,弃上清;

b.1 ml cold PBS重悬沉淀,340-600g 4℃ 离心8 min;

c.用1.25 ml cold lysis buffer(50 ml lysis buffer 加一片罗氏蛋白酶抑制剂)重悬沉淀,冰上静止30 min(5min混匀一次);

d.600 g 、4℃ 离心5 min沉淀细胞核,核可用液氮冻存运输。


以上,便是Hi-C常规样本的制备细节,望对有意向或有计划准备样本的老师同学们有所帮助。对送样样本的严格把关,是推进项目的第一步。如对制备样本上或非常规样本的制备有疑问,可点击下方按钮联系我们,我们将给您提出更佳的建议。

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