为更好的服务于用户,百迈客与基因公司达成合作,再次引进PacBio公司最新的Sequel Ⅱ平台,该平台已于5月23日到达北京百迈客生物科技诚信彩票注册开户投注青岛分公司,目前已经完成内部测试,正式投产!当前,百迈客已拥有PacBio RS Ⅱ、PacBio Sequel、PacBio sequel Ⅱ、Nanopore PromethION、Nanopore GridION、Nanopore MinION市场上主流的三代测序平台,为客户提供最全面优质的选择!

【PacBio SMRT测序原理】

PacBio 提供的是一种边合成边测序的单分子实时测序技术。测序时,DNA聚合酶与模板链结合,在链合成的过程中,不同荧光标记的碱基会释放不同的荧光信号,根据光的波长与峰值从而判断碱基类型与顺序。

PacBio SMRT测序原理

目前市面上的Pacbio平台有:PacBio RSⅡ、PacBio Sequel、PacBio Sequel Ⅱ三种,其原理相同。随着新平台发布,测序的通量会提升,单G成本会降低。

【Sequel Ⅱ介绍】

 Sequel II 相较于前代产品,在通量提升成本降低的同时,也提供了新的测序模式

1、新的测序模式:CLR与CCS文库

当前Sequel II平台可提供CLR Library和CCS library(HIFI)两种测序模式。

CLR Library与之前广为理解的测序文库相同,采用15 Kb、20 Kb、30 Kb等长片段类型的DNA片段进行文库构建,通过获得Subreads来进行下一及应用拓展。

CLR Library 测序原理

最新提供的CCS文库,即采用如8Kb,10Kb等小片段文库,进行单一片段多轮测序的方式来提升准确性。由于Pacbio的原始错误为随机错误,可通过CCS模式进行自身纠正,来提升数据的准确性,先前ISO-seq就是CCS文库的典型应用。CCS reads无需二代数据再次纠错,具有较高准确性,为基因组组装,高精度基因组注释、变异检测等应用提供了更有利的支持。据官方数据,同一片段测序4次后,单一read的准确性可达99%。

CCS Library(HiFi)测序原理

2、数据量产出提高

Sequel II 相比于前代测序平台Sequel,主要变化是测序芯片上的导孔(ZMW)由原始的100万个提升至800万个,理论通量直接提升8倍,进而提升了单Cell数据产量,成本也随之越低!

Sequel II与Sequel平台比对

 

【百迈客新旧平台同一样品实测数据展示】

百迈客利用某海洋动物样本通过构建相同文库,进行不同平台的数据测试。通过构建20 Kb的文库,同时在Sequel与SequelⅡ上进行上机测序,数据产出结果如下所示:

Subreads 数据比对统计

注:Subreads是产出的所有subreads数据集;Reads Num:reads数目;Total Bases (bp):碱基总数;Reads N50 (bp):将reads从长到短排序,并依次相加,当加和等于总碱基数目一半时对应的那条reads长度即为reads N50;Mean Length (bp):reads的平均长度;Longest Read (bp):最长read的长度。

结果统计表中我们可以看到,Sequel Ⅱ平台ZMWs数量较Sequel平台的提升至其8倍,而单cell的总数据量产出由原始的11.6 Gb/cell提升至103.3 Gb/cell,整整高出了约8倍!而在平均读长,最长读长,Reads N50 方面未有太大变化。2个平台的读长分布情况如下图所示:

PacBio sequel读长分布

PacBio Sequel Ⅱ读长分布

 

【百迈客三代测序平台展示】

小结

百迈客自2015年引入Pacbio测序平台后,在三代测序领域已拥有大量项目经验及成功案例。依托于丰富的项目经验,此次平台引入将更好的服务于用户,为用户提供更加全面,更加快速,更具性价比的服务与选择。更多详情请咨询400-600-3186及当地销售!

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【百迈客合作项目成果展示】

 

点击下方按钮体验Sequel Ⅱ测序平台

 

 

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